Die TRAFO-Akademie findet zweimal im Jahr an einem der sechs TRAFO-Standorte statt und greift Themen aus den beteiligten Transformations-Projekten auf. Sie richtet sich primär an die Projektverantwortlichen der sechs TRAFO-Projekte sowie weitere Interessenten aus den Projekten. Zentrales Anliegen ist es, das gastgebende Projekt jeweils in der Tiefe kennenzulernen, Wissen und Methoden zwischen den TRAFO-Projekten auszutauschen und zusätzliches Expertenwissen aus Theorie und Praxis einzubinden.